«Вильняус ванденис» осуществляет сбор и очистку сточных вод в городе Вильнюсе, Шальчининкском, Швенчёнском и Вильнюсском районах. Общество эксплуатирует 6 станций очистки стоков: в Швенчёнисе, Швенчёнеляй, Неменчине, Шальчининкай, Эйшишкес и крупнейшую в Литве станцию – станцию очистки стоков города Вильнюса.

Для сбора и транспортировки стоков на очистные сооружения эксплуатируется более 1 497 км канализационных сетей и 237 насосных станций.   

В центре Вильнюса, в Старом городе, части Антакальниса и части Науяместиса, оборудована смешанная канализационная система, в которую поступают как сточные, так и дождевые воды. В других районах оборудованы отдельные системы канализации для сточных и ливневых вод.

Все сточные воды города Вильнюса поступают на станцию очистки стоков города Вильнюса, где они проходят механическую, а затем биологическую очистку:

Процесс механической очистки сточных вод:
1. Сточные воды проходят через крупные решётки с ячейками размером 10 мм, которые задерживают крупный мусор.
2. Сточные воды процеживаются через более мелкие решётки с ячейками размером 6 мм.
3. Сточные воды попадают в пескоуловители, которые задерживают песок – он тяжёлый и оседает на дно.
4. Сточные воды поступают в первичные отстойники. Здесь осаждаются твёрдые, органические и другие нерастворимые частицы. В результате образуется первичный ил, который по подземным трубопроводам направляется в резервуар для ила. 


Процесс биологической очистки сточных вод:
5. Стоки направляются в аэротанки – резервуары с активным илом. Здесь сточные воды очищаются микроорганизмами: бактерии расщепляют и потребляют в качестве пищи органические загрязнители, содержащиеся в сточных водах, а насосы нагнетают воздух и перемешивают воду, чтобы активный ил не оседал, и микроорганизмы были обеспечены кислородом.
6. Очищенные сточные воды поступают во вторичные отстойники. Эти устройства отделяют очищенную воду от активного ила. Очищенная вода направляется в выпускное устройство, а ил – в резервуар для ила.
7. Очищенная на станции очистки вода сбрасывается в реку Нерис через канал. Качество сбрасываемых стоков контролируется лабораторией проверки сточных вод «Вильняус ванденис».