„Vilniaus vandenų“ akcininkės ⁠–⁠ keturios savivaldybės: Vilniaus miesto, Vilniaus rajono, Šalčininkų rajono ir Švenčionių rajono savivaldybės. Didžiausia bendrovės akcininkė yra Vilniaus miesto savivaldybė, valdanti 85,20 proc. akcijų. Vilniaus rajono savivaldybei priklauso 6,50 proc., Švenčionių rajono savivaldybei ⁠–⁠ 5,84 proc., o Šalčininkų rajono savivaldybei ⁠–⁠ 2,46 proc. bendrovės akcijų.